Contexte Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline La colonisation nasale par SARM est un facteur de risque bien établi d’infection subséquente et un événement clé dans la transmission interindividuelle. Certaines études ont montré une association entre les fluoroquinolones et la colonisation ou l’infection à SARM. Acquisition du SARM dans les établissements de soins de longue durée LTCFsMethods Une cohorte prospective de patients naïfs pour la colonisation de S aureus a été établie et suivie de janvier à octobre dans les LTCF français et les facteurs de risque potentiels ont été évalués hebdomadairement pendant des semaines après inclusion. identifiés dans une étude de cas-témoins ajustée imbriquée utilisant des modèles de régression logistique conditionnelle Les cas étaient des patients ayant contracté un SARM ou un S aureus sensible à la méthicilline [MSSA] Les patients dont les prélèvements nasaux étaient toujours négatifs ont servi de témoins. premier échantillon d’écouvillon nasal, et temps d’expositionRésultats Parmi les patients inclus, les cas de SARM ont été appariés aux témoins et les cas de SASM aux contrôles. L’analyse multivariable a retenu le rapport de cotes des fluoroquinolones; % intervalle de confiance, -, sexe masculin; -, et des soins plus intensifs à l’admission; – aussi significativement associé à l’acquisition du SARM et à l’aide au lavage du corps; – et l’utilisation d’un dispositif d’urination; – comme significativement associé aux acquisitions MSSAConclusions Nos résultats suggèrent que les fluoroquinolones sont un facteur de risque pour l’acquisition du SARM Les mesures de contrôle pour limiter la propagation du SARM dans les LTCF devraient également être basées sur l’optimisation de l’utilisation des fluoroquinolones

Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, fluoroquinolone, étude cas-témoins, établissement de soins de longue durée, acquisitionStaphylococcus aureus est un organisme commensal colonisant plusieurs sites dans le corps humain, en particulier les narines antérieures Cette bactérie Gram-positive est responsable de nombreuses infections, y compris infections de la peau, bactériémie ou maladies respiratoires Notamment,% -% d’adultes en bonne santé sont colonisés par S aureus, et la colonisation nasale est un facteur de risque important d’infection subséquente , avec des taux d’infection plus élevés chez les porteurs que chez les non-porteurs [En outre, le risque le plus élevé d’infection à S. aureus résistant à la méthicilline MRSA survient peu de temps après la colonisation des patients . Le SARM a été décrit pour la première fois en Angleterre et est depuis responsable de nombreuses infections. épidémies hospitalières et communautaires à travers le monde Malgré des efforts concertés, le contrôle de la diffusion du SARM demeure insaisissable Les établissements hospitaliers dans de nombreux pays développés La colonisation par SARM est le principal facteur d’infection et entraîne une augmentation des taux de morbidité et de mortalité et des coûts hospitaliers Les coûts hospitaliers supplémentaires spécifiquement attribuables aux infections à SARM sont estimés à Europe Ainsi, l’identification des facteurs de risque de colonisation par le SARM pourrait aider à développer des stratégies pour prévenir la propagation du SARM dans les populations humaines.Des facteurs de risque de colonisation et / ou d’infection à SARM ont déjà été identifiés: âge d’hospitalisation, procédure invasive, coma, Parmi ces facteurs, l’intensité des contacts entre les professionnels de la santé et les patients pourrait jouer un rôle crucial L’utilisation d’antibiotiques, en particulier de fluoroquinolones, était associée à un risque accru de La colonisation par SARM dans les hôpitaux de soins tertiaires La diffusion du SARM chez un popu L ‘acquisition de composants au niveau individuel, la persistance de la colonisation et la transmission à une autre personne, et le mécanisme derrière leur association avec l’ utilisation des antibiotiques sont mal compris. Il est donc important de déterminer si l ‘utilisation des fluoroquinolones influence l’ acquisition du SARM, la persistance de la colonisation, ou transmission Ici, nous rapportons les résultats d’une étude visant à étudier l’effet spécifique des fluoroquinolones sur l’acquisition du SARM

Méthodes

Paramètres et conception de l’étude

Nous avons établi une cohorte prospective de patients naïfs pour la colonisation par S. aureus afin d’examiner les facteurs de risque d’acquisition de S aureus. L’étude a été réalisée en France de janvier à octobre dans les établissements de soins de longue durée neurologiques: CHU Raymond-Poincaré, Garches , Les quartiers de Berck, le Centre Jacques-Calvé, les quartiers de Berck et le Centre Sainte-Barbe, à Fouquières-lès-Lens, ci-après dénommés centres,,, et Ils ont été choisis car leur durée moyenne de séjour est de plusieurs mois Les patients hospitalisés dans les ESLD pour déficience neurologique ont souvent besoin de soins et d’assistance étendus impliquant de multiples contacts avec les professionnels de la santé et des antibiotiques pour les infections urinaires. En outre, les ESLD peuvent servir de réservoir pour la propagation et le contrôle du SARM dans les hôpitaux fournissant des soins plus aigus Patients w À l’admission, ils ont été hospitalisés pour un trouble neurologique avec une durée de séjour prévue ≥ mois. Les patients immunodéprimés ont été exclus. Pour chaque patient, statut de colonisation nasale. et les facteurs de risque potentiels ont été recueillis hebdomadairement pendant des semaines après l’inclusion ou jusqu’à la sortie si le SARM et / ou l’acquisition de S aureus MSSA sensibles à la méthicilline étaient définis comme le premier échantillon d’écouvillon nasal positif pendant le suivi. Les variables associées à l’acquisition de S aureus ont été étudiées. une étude de cas-témoins assortie, qui utilise des analyses cas-témoins distinctes dans une seule étude Les cas étaient des patients qui ont contracté le SARM ou le SASM Si un patient avait contracté à la fois le SARM et le SASM au premier prélèvement nasal positif, ou elle a été considérée à la fois comme un cas de SARM et un cas de SASM dans les analyses Patients dont les échantillons d’écouvillonnage nasal étaient toujours négatifs Pendant le suivi, les cas de SARM et de SASM ont ensuite été comparés avec différents groupes témoins SARM et SASM-négatifs. Cette étude permet de comparer les modèles finaux et d’identifier les facteurs de risque spécifiquement associés au SARM, au SASM et / ou au S acquisition aureus Chaque cas de SARM a été associé à ≤ témoins et chaque cas de SASM à ≤ témoins par centre, date du premier écouvillon nasal ± mois, et temps d’exposition Le temps d’exposition pour un cas a été défini à partir de la date d’inclusion dans l’étude. la date de l’acquisition de S aureus Le contrôle apparié doit avoir été suivi pendant au moins la même période d’exposition Après l’appariement, le temps d’exposition pour chaque contrôle est égal à celui de son cas correspondant. confusion par le temps à risque , et appariement du centre et de la date du premier écouvillon nasal servant à limiter la confusion potentielle par la pression de colonisation Les contrôles appariés ont été choisis au hasard et pourraient être utilisés dans les deux analyses, car les procédures d’appariement pour les cas de SARM et de SASM ont été effectuées séparément

Collecte de données

À l’inclusion, les données sociodémographiques sexe et âge ont été recueillies, ainsi que les caractéristiques cliniques type de trouble neurologique, diabète sucré, charge de soins intensifs à l’admission, lésions cutanées à l’admission et transfert de l’histoire préadmission d’un autre établissement de santé, hospitalisation au cours de l’année précédente L’admission à l’unité de soins intensifs, la chirurgie ou le LTCF au cours des mois précédents et l’utilisation d’antibiotiques au cours du dernier mois antihistaminique h1. Les données suivantes ont été enregistrées de façon prospective en utilisant des questionnaires standardisés: isolement strict et / ou contact, cathéter invasif, trachéotomie, nutrition entérale ou dispositif d’urination, pansement aseptique, aide au lavage corporel, évacuation manuelle des impuretés fécales et écouvillonnage pour l’identification de S aureus.L’exposition quotidienne a été enregistrée soit dans des dossiers informatisés de pharmacies, soit dans des questionnaires standardisés spécifiques pour toute la période d’institutionnalisation. Les agents antimicrobiens ont été classés une s suit: β-lactamines, macrolides, lincosamides et streptogramines, aminoglycosides, fluoroquinolones, autres agents anti-staphylococcus y compris les glycopeptides, la fosfomycine et le linézolide, et autres comprenant les tétracyclines, l’acide pipémidique, les polymyxines, l’acide fusidique, le métronidazole, les sulfonamides, les dérivés nitrofuraniques, et la rifampicine Pour l’utilisation d’antimicrobiens et les variables recueillies hebdomadairement pendant le suivi, les patients qui ont été exposés au moins une fois pendant leur temps d’exposition ont été considérés comme exposés.

Méthodes microbiologiques

Pour évaluer la colonisation de S aureus, des écouvillons d’alginate ont été mis en rotation autour de l’intérieur des deux narines. Les écouvillons ont ensuite été placés dans le milieu de transport de Stuart, Transwab; Maintenir à la température ambiante jusqu’à l’arrivée au laboratoire de microbiologie de l’hôpital universitaire Raymond-Poincaré. Des tests de sensibilité au SARM et aux antimicrobiens ont été effectués. Données supplémentaires Pour déterminer la diversité clonale de S aureus, toutes les souches isolées des premiers échantillons positifs ont été soumis à un typage de spa

Analyses statistiques

Les variables catégoriques ont été comparées en utilisant des tests exacts χ ou Fisher; Les variables continues ont été comparées avec les tests t de Student Les analyses univariées et multivariées ont utilisé des modèles de régression logistique conditionnelle Rapports de cotes OR et% d’intervalles de confiance Les IC ont été calculés pour toutes les variables et toutes les associations significatives ont été évaluées. Les approches unidimensionnelles ont été utilisées pour identifier les prédicteurs indépendants. Les variables ont été retirées une à une manuellement, en commençant par la variable avec la valeur P la plus élevée, jusqu’à ce que toutes les variables restantes aient eu une signification statistique significative. Les tests de Wald ont été effectués pour évaluer systématiquement tous les termes d’interaction par paire dans chaque modèle final. Le test de Hosmer-Lemeshow a été utilisé pour évaluer l’ajustement du modèle. Des analyses de sensibilité ont été effectuées après exclusion des patients ayant acquis S aureus semaine après l’inclusion ou patients recevant un traitement antibiotique à l’admission Une analyse plus poussée a été réalisée après restriction des cas de SARM à ceux ayant un phénotype résistant aux fluoroquinolones. Pour tous les calculs, la signification statistique a été définie à P & lt; côté Toutes les analyses ont été effectuées en utilisant la version du logiciel Stata; StataCorp

Éthique

Un comité d’examen institutionnel Comité de Protection des Personnes Île-de-France XI a approuvé la référence au protocole d’étude; aucun consentement éclairé écrit n’a été obtenu des patients parce que les interventions de l’étude étaient des soins standard. L’autorisation a également été obtenue auprès de la Commission nationale de l’informatique et des libertés; référence

RÉSULTATS

Population étudiée

De janvier à octobre, un total de patients ont été inclus Figure Parmi eux, les porteurs de% S aureus à l’admission ont été exclus La pression de colonisation était similaire dans tous les centres voir les données supplémentaires Au total, les patients étaient inclus dans les centres,, et, respectivement: ,%, et% L’âge moyen global de la cohorte était les années, les patients étaient des hommes et% ont été suivis pendant des semaines Figure Vue largeTélécharger Diagramme de la population de l’étude et du centre de contrôle cas-témoins était Hôpital universitaire Raymond-Poincaré Garches, France ; centre, Hôpital Maritime de Berck, France; centre, Centre Jacques-Calvé Berck, France; et centre, Centre de Sainte-Barbe Fouquières-lès-Lens, France Le phénotype de résistance des souches positives à Staphylococcus aureus correspond au premier écouvillon nasal positif au cours du suivi, soit à l’acquisition de S aureus. Abréviations: MRSA, S résistant à la méthicilline aureus; MSSA, S aureus sensible à la méthicilline View largeTélécharger la diapositiveFichier de la population à l’étude et du centre d’appariement cas-témoins était l’hôpital universitaire Raymond-Poincaré Garches, France; centre, Hôpital Maritime de Berck, France; centre, Centre Jacques-Calvé Berck, France; et centre, Centre de Sainte-Barbe Fouquières-lès-Lens, France Le phénotype de résistance des souches positives à Staphylococcus aureus correspond au premier écouvillon nasal positif au cours du suivi, soit à l’acquisition de S aureus. Abréviations: MRSA, S résistant à la méthicilline aureus; MSSA, S aureus sensible à la méthicilline

Pendant le suivi, les patients avaient un écouvillon nasal ≥ S aureus positif Les pourcentages de patients ayant acquis S aureus ne différaient pas entre les centres P = Au total, ou des patients, respectivement, acquis SARM ou SASM basé sur leur premier écouvillon nasal positif Patient acquis à la fois Le délai médian entre l’inclusion et l’acquisition du SARM était de quelques semaines, intervalle interquartile, – semaines et ne différait pas significativement P = du temps médian aux semaines d’acquisition de la SASM; intervalle interquartile, – semaines Des échantillons de frottis nasaux des patients restants étaient négatifs pour S aureus pendant le suivi Parmi les isolats de S aureus,% des souches de MRSA et% des souches de MSSA étaient résistantes aux fluoroquinolones Les isolats de S aureus représentaient les types de spas, et Les types de spa prédominants étaient t%, t% et t% Figure Les souches MRSA étaient moins diverses que les variétés MSSA et les types de spa, respectivement, avec des types de spa partagés Figure Voir grandDownload slideDiversité des types de spa lors de l’acquisition Les souches qui n’ont pas pu être affectées à un type de spa connu ne sont pas représentées. MRSA et MSSA souches Figure Vue détailléeDiversité des types de spas à l’acquisition pour le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline SARM et la méthicilline Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline MRSA et méthicilline MSSA S aureus sensibles Les souches qui n’ont pas pu être attribuées à des types de spa connus ne sont pas montrées SARM et Les cas de SARM ont été appariés aux témoins SARM, avec% appariés aux témoins Les cas de SASM ont été appariés aux contrôles SASM, avec% appariés aux contrôles Parmi les contrôles potentiels,% ont été utilisés pour le SARM ou le SASM, y compris% utilisé pour les deux SARM et MSSA appariésBasé sur le temps d’exposition, le protocole prévoyait un nombre total d’échantillons à obtenir par semaine. Parmi ceux-ci,% manquaient. Pendant cette période, les antibiotiques les plus prescrits étaient les ciprofloxacines% parmi les fluoroquinolones et l’amoxicilline / acide clavulanique parmi les β- lactamsAt admission, témoins appariés n = étaient comparables aux contrôles n = non utilisés dans les analyses, sauf pour le centre P = Ces derniers étaient aussi plus susceptibles d’être des hommes P = ou d’avoir eu un séjour antérieur dans un ESLD P = et étaient moins probables que les témoins appariés aient subi une chirurgie préalable P = ou un séjour antérieur en unité de soins intensifs P =

Analyse cas-cas-contrôle

ntact isolement – – Cathéter – – Trachéotomie – – Vinaigrette aseptique – – Nutrition entérale – – Évacuation manuelle de l’impaction fécale – – Aide au lavage du corps – – Dispositif d’urination – – Ecouvillonnage – – Abréviations: IC, intervalle de confiance; Unité de soins intensifs, unité de soins intensifs; LTCF, établissement de soins de longue durée; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; MSSA, Staphylococcus aureus sensible à la méthicilline; OU, odds ratioa Les pourcentages sont basés sur le nombre de patients dont les données étaient disponibles, c’est-à-dire en excluant les données manquantes; Comparaison avec des troubles neurologiques médullaires ou périphériques. Comparé aux soins moins intensifs à l’admission. Exposé au moins une fois depuis l’admission. Incluant les glycopeptides, la fosfomycine et le linézolide. Comprend les tétracyclines, l’acide pipémidique, les polymyxines, l’acide fusidique, le métronidazole, Les distributions de l’âge différaient significativement entre les cas de SASM et les témoins, mais sans tendance selon l’âge, l’acquisition de SASM était significativement associée à l’évacuation manuelle de l’impaction fécale, à l’aide au lavage du corps ou à l’utilisation. d’un dispositif d’urination Pendant le suivi, les patients dont les plaies ont été écouvillonnées étaient plus susceptibles d’acquérir MSSA que les patients sans échantillon échantillonné. Les analyses multivariées ont retenu des facteurs significativement et indépendamment associés à l’acquisition du SARM: sexe masculin OU; % CI, -, fardeau de soins intensifs plus élevé à l’admission; -, ou l’utilisation de fluoroquinolone; – Tableau Les facteurs de risque indépendants pour l’acquisition de la SASM étaient le besoin d’aide au lavage du corps pendant le suivi OU; % CI, – ou l’utilisation d’un dispositif d’urination; – Aucune interaction statistiquement significative entre les facteurs de risque n’a été trouvée. Les résultats du test d’adéquation de Hosmer-Lemeshow ont indiqué que les modèles d’acquisition SARM ou MSSA reflétaient bien les données P = et P = Tableau Analyse multivariée des cas SARM et SASM vs Contrôles SARM variable: Cas vs Contrats SASM: Cas vs Contrôles Modele Modele Modele Ajusté Modele Modele Modele Modele Ajusté Modele Finalb OU% CI P Valeur OU% CI P Valeur OU% CI P Valeur OU% CI P Valeur Démographie Sexe masculin – – – … … Age , y – … … … … Référence … … – … … … … – … … – … … – … … ≥ … … … … – … … Caractéristique clinique de base Plus de soins intensifs à l’admission – – & lt; … … … … Lésions cutanées à l’admission … … … … – … … Antécédents d’hospitalisation Antécédents d’hospitalisation – … … … … … … Antécédents de soins intensifs – … … … … … … Thérapie antibiotique antérieure – … … … … … Antimicrobien utilisé β -lactamines – … … … … … … Fluoroquinolones – – … … … … Autres cathéters variables de suivi – … … … … … Nutrition entérale – … … … … … … Évacuation manuelle de l’impaction fécale – … … – … … Corps aide au lavage – … … – – Appareil d’urination – … … – – Ecouvillonnage – … … – … … SARM variable: Cas vs Contrats MSSA: Cas vs Contrôles Modela Modele Modele Ajust. Modele Modele Modele Ajust. Modèleb OR% CI P Valeur OR% CI P Valeur OR% CI P Valeur OR% CI P Valeur Données démographiques Sexe masculin – – – … … Âge, y – … … … … Référence … … – … … … … – … … – … … … … – … … ≥ … … … – … … Caractéristique clinique de base Plus de soins intensifs à l’admission – – & lt; … … … … Lésions cutanées à l’admission … … … … – … … Antécédents d’hospitalisation Antécédents d’hospitalisation – … … … … … … Antécédents de soins intensifs – … … … … … … Thérapie antibiotique antérieure – … … … … … Antimicrobien utilisé β -lactamines – … … … … … … Fluoroquinolones – – … … … … Autres cathéters variables de suivi – … … … … … Nutrition entérale – … … … … … … Évacuation manuelle de l’impaction fécale – … … – … … Corps -lavage – … … – – Appareil d’urination – … … – – Ecouvillonnage – … … – … … Abréviations: IC, intervalle de confiance; Unité de soins intensifs, unité de soins intensifs; SARM, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline; MSSA, S aureus sensible à la méthicilline; OU, odds ratioa Les modèles complets multivariés correspondent aux modèles incluant toutes les variables avec le test de Wald P & lt; dans les analyses univariéesb Les modèles ajustés finaux correspondent à des modèles incluant toutes les variables restantes montrant des estimations OR significatives après sélections rétrogrades manuellesc Comparées aux soins moins intensifs à admissiond Exposées au moins une fois depuis l’admissionDes facteurs de risque similaires MRSA et MSSA ont été trouvés dans des analyses cas-témoins multivariées après l’exclusion des patients ayant acquis S aureus une semaine après l’inclusion ou des patients recevant un traitement antibiotique à l’admission. Données supplémentaires En outre, l’utilisation de fluoroquinolones était également significativement associée à l’acquisition de SARM résistante aux fluoroquinolones.

DISCUSSION

Sélection de trol Plus de soins intensifs à l’admission ont déjà été associés à l’acquisition de plusieurs organismes résistants aux antibiotiques, y compris le SARM Ce facteur de risque peut être un marqueur de la sévérité de la maladie et refléter le haut niveau de par exemple, des soins plus intensifs à l’admission ou avec l’acquisition de la MSSA, par exemple, l’aide au lavage du corps et le miction reflètent des contacts fréquents avec les travailleurs de la santé, suggérant que les facteurs impliqués Les méthodes utilisées pour étudier la colonisation par le SARM ou les facteurs de risque d’infection ont différé dans la transmission interindividuelle des facteurs de risque d’acquisition de S aureus, quel que soit le phénotype de résistance à la méthicilline. w entre les études, notamment en ce qui concerne la conception de l’étude transversale ou longitudinale, l’ajustement pour la période à risque ou les comorbidités et la définition du groupe témoin, ce qui pourrait conduire à une évaluation biaisée de l’impact des antibiotiques. pourrait surestimer l’association entre l’utilisation d’antibiotiques et la colonisation par SARM À ce jour, presque aucune étude épidémiologique bien conçue n’a jamais été entreprise pour démontrer l’existence d’une association entre l’exposition antérieure aux antibiotiques et le risque d’acquisition de MRSA. utilise habituellement le même groupe de contrôle pour les analyses de facteurs de risque pathogènes et résistants aux pathogènes Dans la présente étude, nous avons comparé les cas de SARM et de SASM avec différents groupes témoins, pour faire correspondre les cas et les témoins. premier échantillon d’écouvillon nasal et le temps d’exposition, ce qui rend les témoins plus représentatifs de la Les cas de SARM et de SASM ont pris naissance Bien que le choix de groupes témoins distincts puisse affecter la comparaison des facteurs de risque entre les analyses cas-témoins, le fait que nos groupes témoins aient partagé de nombreux patients rendait les résultats des analyses beaucoup plus comparables. la détection de l’acquisition de S aureus reposait uniquement sur des techniques microbiologiques standard, sans recourir à des méthodes moléculaires, par exemple une réaction en chaîne par polymérase en temps réel pouvant augmenter la sensibilité de détection. Nous avons été rassurés de trouver t, t et t comme types de En outre, seuls des échantillons d’écouvillonnage nasal ont été utilisés pour déterminer la présence de S aureus. Bien que les échantillons combinés d’aisselles nasales et cutanées et d’écouvillon de l’aine se soient révélés plus sensibles que les écouvillons nasaux seul , nous avons décidé de ne pas utiliser l’écouvillonnage dans les définitions de cas MRSA / MSSA parce que nous nous sommes concentrés sur l’acquisition de la colonisation, La présence de S aureus dans les plaies pourrait indiquer une infection. En outre, les plaies n’étaient pas systématiquement échancrées, leur utilisation pouvait donc introduire un biais de sélection si les patients écouvillonnés étaient plus susceptibles de recevoir des antibiotiques. pourrait inclure des patients faussement négatifs, biaisant ainsi notre sélection de cohorte De même, un échantillon d’écouvillon nasal manquant ou faussement négatif pendant le suivi pourrait donner lieu à une classification erronée des cas, les rendant plus semblables et sous-estimant ainsi les RUP. des patients ayant acquis S aureus une semaine après inclusion ou recevant un traitement antibiotique à l’admission, les analyses multivariées ont donné des résultats similaires, renforçant ainsi nos conclusions. Deuxièmement, la pression de colonisation n’a pas été évaluée et n’a donc pas pu être ajustée. MSSA fardeau Cependant, nous avons choisi de faire correspondre par centre et la date de la première nasale Cependant, l’association que nous avons trouvé entre l’utilisation des fluoroquinolones et l’acquisition du SARM élargit les connaissances sur les facteurs de risque de colonisation / infection à SARM dans les hôpitaux de soins tertiaires [ -, -], renforçant la notion que la gestion des antibiotiques est essentielle, quel que soit le contexte, l’utilisation des antibiotiques étant plutôt intensive et inappropriée dans les ESLD , elle peut différer de celle des hôpitaux de soins tertiaires. en améliorant l’hygiène, particulièrement le lavage des mains Notamment, l’effet des fluoroquinolones sur l’acquisition du SARM représente un autre déterminant de la diffusion du SARM. Néanmoins, leur effet sur les autres étapes de la diffusion du SARM reste à étudier. Nos résultats devraient encourager à reconsidérer l’importance fluoroquinolone prudente utilisation

Remarques

Remerciements Nous remercions tous les enquêteurs et les professionnels de la santé qui ont participé à l’étude et GenoScreen Lille, France pour le typage des souches. Nous remercions également Janet Jacobson pour son assistance éditoriale. Soutien financier Ce travail a été soutenu par le programme français de recherche clinique. Institut Pasteur; Direction générale de l’Armement – et bourse de doctorat de l’École des Hautes Études en Santé Publique à C C; et le programme d’Investissement d’Avenir du gouvernement français, Laboratoire d’Excellence «Biologie Intégrative des Maladies Infectieuses Emergentes» accordent des conflits d’intérêts ANR – LABX – IBEIDPotentiel Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le Formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels d’intérêt Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués