Le diagnostic de l’agent étiologique de la pneumonie joue un rôle essentiel pour assurer le traitement le plus approprié et le plus efficace pour chaque patient et est essentiel pour guider le développement de stratégies thérapeutiques et préventives. Cependant, l’étiologie de la pneumonie reste difficile à cause de l’inaccessibilité Ici, nous passons en revue la littérature publiée et non publiée sur divers spécimens disponibles pour le diagnostic de la pneumonie pédiatrique tadalafiloverthecounter.com. Nous discutons des avantages et des limites de chaque spécimen, et discutons de la raison d’être des spécimens. à recueillir pour l’étude sur la recherche en étiologie de la pneumonie pour la santé des enfants

Le diagnostic de l’étiologie microbiologique de la pneumonie est difficile car le site d’infection, le tissu pulmonaire, n’est pas facilement accessible pour la collecte des échantillons. Les échantillons de site stérile sont le «gold standard» pour le diagnostic des maladies invasives. Des approches non stériles Le développement d’un étalon-or plus complexe incorporant un certain nombre de méthodes a été suggéré Le problème de la collecte et du dépistage appropriés des pneumonies chez les nourrissons et les enfants est amplifié dans les pays en développement. procédures cliniques et en raison des facilités de diagnostic limitées; paradoxalement, ces paramètres ont la plus grande prévalence de maladies respiratoires graves Les progrès dans le diagnostic de la pneumonie ont permis d’identifier une grande variété de pathogènes grâce à des tests moléculaires dirigés. Nous avons cherché à établir une base de données probantes sur laquelle fonder les décisions concernant la collecte d’échantillons dans le cadre de l’étude PERCH. Pneumonia Etiology Research for Child Health; une étude multisite cas-témoin de l’étiologie de la pneumonie dans les pays en développement, en tenant compte de la gamme de liquides corporels et de tissus à partir desquels des données pertinentes peuvent être obtenues, des ressources cliniques et de laboratoire disponibles dans les pays en développement, Nous avons examiné la littérature publiée et non publiée pour formuler une approche rationnelle, visant à minimiser l’influence des notions a priori de l’étiologie de la pneumonie attendue Ici, nous discutons de divers échantillons de liquide ou de tissu corporel et la logique pour l’algorithme de collecte d’échantillons PERCH

SPÉCIMENS POUR DÉTERMINER L’ÉTIOLOGIE DE LA PNEUMONIE

Aspirats pulmonaires

D’un point de vue diagnostique, le moyen idéal pour déterminer l’étiologie de la pneumonie est d’obtenir un échantillon directement à partir de l’emplacement de l’infection, les poumons pulmonaires, couramment utilisés pour l’évaluation cytologique de malignité suspectée, peuvent également être utilisés pour détecter l’infection. Dans les pays développés, la nécessité d’identifier l’étiologie de la pneumonie est moins pressante car la mortalité due à la pneumonie est un événement rare; L’accès aux soins et aux antibiotiques à large spectre évite le besoin d’aspirer les poumons sauf dans le cas d’une infection récalcitrante chez les hôtes immunodéprimés. Cependant, dans les pays en développement, la pneumonie tue plus d’un million d’enfants chaque année et il est nécessaire de déterminer étiologie; Dans ce contexte, le rôle des aspirateurs pulmonaires est discuté ci-dessous. La technique générale utilisée pour l’aspiration pulmonaire pédiatrique consiste à insérer aveuglément une aiguille sur le sommet d’une côte dans la zone de consolidation identifiée par une radiographie thoracique ou des résultats physiques maximaux. cœur, grands vaisseaux ou autres structures vitales; appliquer l’aspiration au piston de la seringue, et retirer l’aiguille, tout en maintenant une aspiration constante La procédure est réalisée dans des conditions stériles et l’aspiration prend – secondes Les principaux risques associés à l’aspiration pulmonaire sont pneumothorax et hémoptysie Un examen de & gt; les enfants subissant l’aspiration d’aiguille au cours des dernières décennies du monde entier ont rapporté des complications en% incluant le pneumothorax en% et le drainage du drain thoracique requis en% In & gt; Chez les adultes et les enfants, la mort était temporairement, mais pas nécessairement causale, associée à l’aspiration pulmonaire chez les patients. Au cours des dernières années, la survenue d’événements indésirables consécutifs à une aspiration pulmonaire a diminué. technique, par exemple, utilisation d’aiguilles de petit calibre Dans notre revue de toutes les procédures d’aspiration pulmonaire pédiatrique publiée ces dernières années, des complications mineures transitoires ont été rapportées en% des procédures et un pneumothorax nécessitant un drainage thoracique en%; Par exemple: coagulopathie, hyperexpansion thoracique, kystes thoraciques ou bulles, une infection présumée à Pneumocystis jirovecii est habituellement considérée comme une contre-indication à l’aspiration pulmonaire. Le rendement diagnostique de la culture pulmonaire par aspiration chez les patients pédiatriques avec un syndrome clinique et des résultats radiographiques thoraciques de la pneumonie varie selon la technique, le cadre et les tests effectués, mais les études des dernières années ont rapporté des rendements de% -% [,,] Un poumon normal sain contient rarement suffisamment d’organismes pour produire une culture positive dans le spécimen d’aspiration; Par conséquent, la spécificité de la technique est très élevée. Les résultats négatifs ne sont pas rares lorsqu’on s’appuie sur la culture, mais l’utilisation de techniques moléculaires améliore considérablement le rendement L’identification d’un agent étiologique est similaire chez les patients atteints de pneumonie lobaire. ou bronchopneumonie% ; Cependant, dans des études récentes, la procédure a été réalisée uniquement chez les enfants avec une consolidation périphérique distincte Bien qu’il n’y ait eu aucune étude randomisée du bénéfice clinique de l’aspiration pulmonaire, une comparaison des résultats chez les enfants en Papouasie Nouvelle Guinée, subissant l’aspiration pulmonaire avec des enfants du même quartier l’année précédente sans aspiration pulmonaire suggérait que la mortalité par pneumonie était plus faible durant l’année où les aspirats pulmonaires étaient utilisés Bien que cette comparaison ait impliqué des enfants atteints de pneumonie de gravité égale, il est possible que Les résultats peuvent être améliorés chez les enfants subissant une aspiration pulmonaire en raison de leur capacité à fournir un traitement antimicrobien dirigé contre les pathogènes. Dans de nombreux cas, l’agent pathogène identifié sur la culture pulmonaire n’est pas sensible aux antibiotiques empiriques recommandés par l’Organisation mondiale de la Santé. et les schémas thérapeutiques sont modifiés en conséquence Childre n chez qui les ponctions pulmonaires sont effectuées ne sont pas représentatives de tous les enfants hospitalisés avec pneumonie en raison de l’application de critères de sélection pour la procédure En outre, certains centres peuvent être incapables d’effectuer des aspirations pulmonaires en raison de restrictions pratiques. ou équipement radiographique Bien que cela oriente un groupe de patients vers une sous-population de cas radiologiquement évidents parfois moins sévères, l’information obtenue par aspiration pulmonaire est précieuse pour la prise en charge individuelle du patient et reste l’information la plus concluante sur l’étiologie de la pneumonie. peut être utilisé dans des milieux qui ont la capacité de surveiller attentivement, par exemple, les observations infirmières, l’oxymétrie de pouls, et la radiographie thoracique et de gérer efficacement les complications, par exemple, l’équipement et l’expertise dans le placement du tube thoracique

Sécrétions du tractus respiratoire inférieur

Les sécrétions du TLR des voies respiratoires inférieures des enfants atteints de pneumonie sont d’importance diagnostique parce que ce spécimen provient du site d’infection et peut être recueilli de manière non invasive dans la grande majorité des cas. Les enfants ont de la difficulté à expectorer les expectorations, principalement parce qu’ils les avalent. Il est donc nécessaire d’utiliser le lavage broncho-alvéolaire ou l’induction des expectorations pour recueillir un échantillon de LRT. Plusieurs études ont documenté l’utilité diagnostique du BAL bronchoscopique ou nonbronchoscopique dans les unités de soins intensifs, en particulier pour le diagnostic et la prise en charge de la pneumonie sous ventilation assistée. En raison de la nécessité d’une ventilation mécanique, du besoin éventuel d’anesthésier ou d’endormir les petits enfants avant l’intervention et du degré de formation clinique et de soutien pour assurer la sécurité des patients, le BAL n’est pas idéal pour étudier la pneumonie acquise dans la communauté. les nourrissons et les enfants dans des milieux pauvres en ressources. utilisé pour diagnostiquer la pneumonie dans les milieux à forte prévalence de la tuberculose et chez les enfants atteints de fibrose kystique Cependant, il a également été démontré qu’il était utile chez les enfants hospitalisés avec une pneumonie acquise en communauté La méthodologie, les risques, [En résumé, la méthode la plus courante pour l’induction des expectorations est l’administration de solution saline hypertonique par nébuliseur, suivie d’une percussion de la paroi thoracique pour mobiliser les sécrétions. Les expectorations peuvent être expectorées directement ou recueillies. Utiliser un cathéter d’aspiration inséré dans le pharynx La procédure est bien tolérée, bien que des effets secondaires mineurs de toux, de vomissements et de respiration sifflante puissent survenir. Afin de minimiser la contamination de l’expectoration par les sécrétions de l’oronasopharynx, le cathéter est aspiré. été inséré dans le pharynx et est interrompu avant d’être retiré. Même avec une technique méticuleuse, la Le pharynx se produit fréquemment et les résultats de culture bactérienne et de détection d’acide nucléique doivent être interprétés avec soin pour déterminer si la détection d’un agent pathogène potentiel représente une contamination des voies respiratoires supérieures ou de la maladie dans le TLR. de l’étude PERCH permettra de tester la validité des tests de diagnostic des expectorations induites

Fluide pleural

Les tests diagnostiques sur le liquide pleural peuvent être utiles chez les enfants atteints de pneumonie compliquée par un épanchement pleural. La technique de prélèvement des échantillons est bien établie et utilisée en médecine clinique. Les tests standard incluent la coloration de Gram pour la culture bactérienne et la coloration Ziehl-Neelsen pour la culture mycobactérienne. , mais le test de l’antigène et la réaction en chaîne de la polymérase PCR augmentent considérablement le rendement diagnostique

Spécimens des voies respiratoires supérieures

n dans les voies respiratoires supérieures L’URT n’est ni une preuve nécessaire ni suffisante de la cause de la pneumonie La signification étiologique de la détection de microorganismes dans le naso-oropharynx pendant un épisode aigu de pneumonie peut être difficile à interpréter dans un contexte de colonisation asymptomatique, de réplication ou de persistance du matériel génétique au-delà de la période d’infection aiguë Néanmoins, pour de nombreuses infections, l’identification de l’organisme dans l’URT fournit des preuves circonstancielles de causalité. Méthodes d’échantillonnage PERCH: écouvillonnage nasopharyngé, aspiration nasale, lavage nasal et écouvillonnage de la gorge. La méthode d’échantillonnage, la collecte des sécrétions nasales en essuyant le nez du patient sur du papier de soie, est prometteuse comme alternative moins inconfortable à l’écouvillonnage NP chez les enfants coryza Nous n’avons pas envisagé cette technique pour PERCH. décharge nasale suffisanteAny de ces spec URT imens peuvent être testés par une variété de méthodes pour détecter une variété de pathogènes voir les études de Bhat et al et Murdoch et al Le spécimen idéal pour détecter les virus dépend du type de test effectué. Test ou transcription inverse PCR, la sensibilité des prélèvements de NP en particulier flocons pour la détection des virus respiratoires est comparable aux prélèvements nasaux de lavage ou d’aspiration Comparé aux tampons NP, les aspirations nasales et les lavages nasaux sont techniquement plus difficiles, et en raison du risque d’aspiration En outre, les aspirats nasaux et les lavages sont susceptibles d’être moins acceptables pour les enfants témoins en bonne santé qu’un prélèvement NP Pour ces raisons, nous avons considéré le prélèvement NP comme la méthode préférée de l’URT. l’échantillonnage pour la détection des virus dans les échantillons de prélèvements PERCHOP s’est avéré être toujours moins sensible que les échantillons NP pour une variété de virus; Cependant, la sensibilité maximale est atteinte en utilisant plusieurs types d’échantillons Un tampon OP peut augmenter la détection moléculaire des agents pathogènes viraux par% sur un tampon NP seul et s’est avéré plus sensible pour la détection de certains virus [ ] On ne sait pas si l’augmentation de la détection est liée au tropisme pathogène pour différents sites anatomiques, par exemple, la grippe pandémique A pour l’oropharynx ou simplement le résultat d’un test d’un échantillon supplémentaire; cependant, la collecte d’un prélèvement OP est rapide, simple, implique un risque minime et est susceptible d’être acceptée par les contrôles sains. Le coût des consommables peut être réduit en plaçant le tampon OP et le tampon NP dans le même flacon pour le transport et les tests. Les bactéries qui ne sont pas communément présentes dans les voies aériennes supérieures, par exemple Bordetella pertussis et Mycoplasma pneumoniae, détectées dans des échantillons NP ou OP par PCR et / ou culture fournissent des informations de diagnostic utiles. Cependant, pour la plupart des pathogènes bactériens comme pour la plupart des virus, il est difficile de savoir si la détection dans le NP a une valeur prédictive pour définir l’étiologie de la pneumonie. Cela est particulièrement vrai pour les agents pathogènes fréquemment détectés dans les voies aériennes supérieures des enfants, par exemple Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus Pour certains sérotypes pneumococciques qui sont rarement trouvés dans le NP, mais sont des causes bien connues de la maladie invasive, par exemple, serotype , id L’incorporation dans le NP au moment de la pneumonie peut être hautement prédictive de la pneumonie à pneumocoque De même, l’absence d’agent pathogène dans le NP au moment de la pneumonie pourrait suggérer qu’il n’est pas l’agent étiologique, à savoir une valeur prédictive élevée. Dans la culture de pneumocoques à partir de prélèvements de NP, il existe certaines preuves que les écouvillons en rayonne donnent de meilleurs résultats que les écouvillons en Dacron . Il est recommandé de transporter et de conserver les écouvillons dans du lait écrémé tryptone-glucose-glycérine STGG avant la culture bactérienne ; cependant, les prélèvements ciblés pour les tests moléculaires sont généralement transportés dans des milieux de transport viraux ou universels, ce qui signifie qu’au moins des spécimens URT sont requis pour la culture et la PCR Récemment, il a été démontré que la sensibilité de la PCR aux virus respiratoires viraux A, la grippe B, et l’adénovirus dans les écouvillons stockés dans STGG est%% intervalle de confiance, – par rapport aux écouvillons stockés dans les milieux de transport universel, suggérant qu’il peut être possible de faire à la fois PCR et culture sur un seul écouvillon Les échantillons URT sont prélevés sur des cas et les contrôles utilisant des matériaux et des techniques identiques faciliteront les tests statistiques de l’association entre la détection des agents pathogènes et la pneumonie.

Spécimens de sang

Murdoch et al. [27] Une revue complète de ce sujet est fournie par Murdoch et al Etant donné qu’une quantité limitée de sang peut être obtenue à des fins cliniques et de recherche, il est important de considérer les plus efficaces. Bien que des hémocultures positives ne soient observées que chez une petite minorité d’enfants hospitalisés pour pneumonie, les organismes identifiés par hémoculture sont généralement considérés comme révélateurs de l’étiologie de la pneumonie, et les résultats de la sensibilité aux antibiotiques de ces pathogènes sont utilisés pour guider la thérapie. ,] Le rendement des hémocultures peut être amélioré en portant une attention particulière au volume de sang inoculé, au rapport du volume de l’échantillon au milieu, à la minimisation de la contamination des échantillons, à l’optimisation du stockage, au transport et aux conditions d’incubation. Capacité microbiologique pour évaluer les flacons de culture positifs Des informations diagnostiques supplémentaires peuvent être obtenues PCR sur des spécimens d’hémoculture positifs sur un instrument de culture automatisé mais négatifs sur la sous-culture On s’attend à ce que les hémocultures d’enfants de la communauté soient rarement, voire jamais, positives pour un agent pathogène les coûts pourraient être engagés uniquement à partir de l’évaluation des cultures contaminées; Par conséquent, les prélèvements sanguins effectués chez des sujets témoins ne sont pas recommandés. Les tests sérologiques des échantillons aigus / convalescents aigus ou appariés ont été l’une des premières techniques développées pour le diagnostic de l’étiologie de la pneumonie et continuent d’être utilisés aujourd’hui. Cette analyse d’association peut être particulièrement utile pour les pathogènes connus pour avoir une excrétion prolongée dans le nasopharynx ou qui sont très répandus dans une population témoin. Le paludisme, l’hémoglobinopathie, l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et les biomarqueurs, par exemple la protéine C-réactive, la procalcitonine. L’interprétation correcte de ces résultats nécessite que les tests soient effectués dans les deux cas. et contrôle des sujetsLa collecte d’un petit volume Le sang est considéré comme une activité à risque minime pour les patients et pour les sujets témoins. Un grand nombre de sites PERCH ont une expérience dans la collecte de sang chez des sujets témoins; les résultats de certains tests comme le paludisme, l’hémoglobine, le VIH peuvent être signalés et le traitement fourni s’il est indiqué Bien qu’il n’existe pas de directives universelles sur les volumes acceptables de sang pouvant être prélevés en toute sécurité sur les enfants, une recommandation a été publiée. Littérature Parmi les enfants malades, un maximum de mL / kg pendant les heures est suggéré comme une ligne directrice raisonnable, bien qu’une plus grande prudence puisse être nécessaire chez les enfants souffrant d’anémie ou d’épuisement du volume sanguin.

Spécimens d’urine

Plusieurs causes infectieuses de pneumonie peuvent être détectées par des tests d’antigènes urinaires Bien que le test de dépistage des antigènes urinaires puisse être utilisé pour diagnostiquer la pneumonie pneumococcique chez l’adulte, le test manque de spécificité chez les enfants en raison de la forte prévalence de la colonisation pneumococcique. est à la fois sensible et spécifique; cependant, il s’agit d’une cause rare de pneumonie chez les enfants. Des études récentes suggèrent que l’analyse du profil métabolique des échantillons d’urine peut être un outil utile pour différencier la pneumonie d’autres maladies fébriles et identifier les enfants chez qui la détection de pathogènes représente un état innocent. Les modèles de souris suggèrent également un rôle possible de la métabolomique dans l’identification de l’infection causant la pneumonie La collecte d’un échantillon d’urine en sac est une procédure à risque minimal et le prélèvement peut être effectué sur tous les enfants atteints de pneumonie et de contrôle. sujets, donc il n’y a pas de biais d’échantillonnage Le plus grand défi dans la collecte de ce spécimen est l’impossibilité d’obtenir un spécimen « sur demande », en particulier chez les patients qui sont malades et qui peuvent être déshydratés ou anuriques.

Spécimens de tissus pulmonaires post-mortem

L’identification de la cause de la pneumonie mortelle est essentielle à la compréhension et à la prévention des décès par pneumonie; Cependant, il existe des contraintes culturelles et sociales considérables sur l’examen post-mortem dans de nombreux pays. La biopsie pulmonaire percutanée postmortem immédiate offre une approche potentiellement plus simple et moins invasive pour obtenir du tissu pulmonaire Une analyse détaillée des risques, avantages et méthodologie de l’échantillonnage postmortem Par Turner et al En bref, les tests microbiologiques du tissu pulmonaire peuvent être utilisés pour comparer les échantillons post mortem et prémortem sur le même patient afin de valider les diagnostics prémortemaux, et surtout, aider à établir un diagnostic là où il manque, particulièrement pour les enfants qui arrivent à l’hôpital in extremis et meurent peu de temps après l’arrivée, avant que les investigations puissent être entamées

Souffles expirés

Il existe de plus en plus de littérature sur l’utilisation de la respiration exhalée et du condensat expiré EBC pour étudier les maladies pulmonaires et les maladies pulmonaires atopiques. Les biomarqueurs dans les échantillons EBC ont également été corrélés avec l’infection dans plusieurs petites études pilotes spécimen simple à collecter et provient directement du site infecté, la technique n’est pas totalement standardisée et la spécificité des résultats pour la pneumonie versus d’autres types de maladie ou d’infection n’a pas été établie Des études de validation considérables seraient nécessaires pour établir les valeurs normales des biomarqueurs dans EBC chez les enfants atteints de pneumonie et de vérifier les associations spécifiques entre les valeurs EBC et la pathologie pulmonaire Pour ces raisons, cette nouvelle technique n’a pas été recommandé pour la collecte chez les sujets PERCH

STOCKAGE ET TRANSPORT DES SPÉCIMENS

Assurer la qualité et la standardisation du transport des échantillons, du stockage et des tests en laboratoire sur les sites d’étude PERCH est une activité fondamentale pour la réussite du projet. Les transports et le stockage des échantillons sont soumis à un mode opératoire standardisé. dans tous les sites Tableau supplémentaire C En outre, un plan qualité de laboratoire établit des lignes directrices pour les activités d’assurance qualité / contrôle de la qualité sur chaque site PERCH, y compris un système d’évaluation externe de la qualité.

CONCLUSIONS

L’algorithme de collecte des échantillons PERCH, résumée dans le tableau des cas et le tableau des contrôles, se concentre sur les tests d’aspiration pulmonaire de spécificité élevée, l’épanchement pleural, mais aussi sur l’expectoration induite et l’échantillonnage des voies respiratoires supérieures pour fournir un minimum d’informations sur la pneumonie. patients PERCH s’appuiera sur des approches épidémiologiques et statistiques pour interpréter les résultats en particulier chez les enfants avec des tests positifs pour les pathogènes multiples ou des résultats discordants à partir de différents spécimens et d’attribuer la causalité

Tableau PERCH Algorithme pour la collecte des échantillons et les tests de laboratoire sur les sujets Sujets Spécimen Analyses Sang hématogène Tous>% hémoculture Test d’antigène pneumococcique sur culture d’hémoculture – spécimens de sang Test sanguin complet avec test différentiel Pneumocoque PCR Test VIH Test d’hémoglobinopathie microscopie sites sélectionnés Test sérologique Protéine C réactive, autres biomarqueurs Études génétiques hôtes Sérum convalescent Tous>% Tests sérologiques Plasma convalescent Sélectionner des cas Tests CD spécifiques au site pour les cas de VIH dans des sites sélectionnés Urine Tous & gt;% Stockage pour les futurs tests d’antigène, biomarqueurs NP écouvillon floqué Tous% PCR pour les agents pathogènes respiratoires NP écouvillon de rayonne Tous les% culture bactérienne et sérotypage pour pneumocoque Écouvillon de rayonne de gorge Tous les>% PCR pour les pathogènes respiratoires Crachats induits Tous, sauf contre -indiqués% Microscopie, culture bactérienne a nd AST Mycobacterium tuberculosis microscopie, culture PCR pour pathogènes respiratoires Aspiration pulmonaire sélectionner des sites Select cases & lt;% Microscopie, culture bactérienne et AST M tuberculose microscopie, culture PCR pour pathogènes respiratoires Aspect gastrique Select cases & lt;% M tuberculose microscopie, culture Liquide pleural Cas & lt;% Microscopie, culture bactérienne et AST Cellule, protéine, glucose M tuberculose microscopie, culture Antigène détection pneumocoque PCR pour pathogènes respiratoires Sites de sélection pulmonaire Cas post-mortem & lt;% Histologie et immunohistochimie Coloration de Gram, culture bactérienne et AST, culture mycobactérienne PCR multiplex et S typage d’ARN Spécimen Sujet Dosage Sang hématogène Tous>% hémoculture Test d’antigène pneumococcique sur culture d’hémoculture – spécimens d’essai Numération globulaire complète avec test différentiel Pneumococcus Test VIH Test d’hémoglobinopathie sélectionner Sites testés Tests d’antigène du paludisme ou sites sélectionnés de microscopie Tests sérologiques Protéine C réactive, autres biomarqueurs Études génétiques hôtes Sérum convalescent Tous>% Tests sérologiques Test de sérologie Test de dépistage sélectif spécifique au site pour les cas de VIH dans les sites sélectionnés Urine All & gt; test d’antigène futur, biomarqueurs NP floqué écouvillon Tous% PCR% pour les agents pathogènes respiratoires NP écouvillon de rayonne Tous>% Culture bactérienne et sérotypage pour pneumocoque Ecouvillon de rayonne gorge Tous>% PCR pour les pathogènes respiratoires Crachats induits Tous, sauf contre -indiqués% Microscopie, culture bactérienne et AST Microscopie de Mycobacterium tuberculosis, culture PCR pour pathogènes respiratoires Aspiration pulmonaire sélectionner des sites Sélectionner cas & lt;% Microscopie, culture bactérienne et AST M microscopie de tuberculose, culture PCR pour pathogènes respiratoires Aspect gastrique Select cases &>% M microscopie de tuberculose, liquide pleural Se Cas microscopiques, culture bactérienne et AST Nombre de cellules, protéines, glucose Microscopie de la tuberculose, culture Détection de l’antigène Pneumocoque PCR pour pathogènes respiratoires Sites de sélection des tissus pulmonaires Cas post-mortem Histologie et immunohistochimie Coloration de Gram, culture bactérienne et AST, mycobactérien culture Multiplex PCR et S typage d’ARN Abréviations: AST, test de sensibilité aux antibiotiques; VIH, virus de l’immunodéficience humaine; NP, nasopharyngée; PCR, amplification en chaîne par polymérase; PERCH, Recherche sur l’étiologie de la pneumonie pour la santé infantile; STGG, lait écrémé-tryptone-glucose-glycérine; VTM, milieu de transport viral Montré avec la proportion de cas attendus pour avoir un spécimen disponible

Tableau PERCH Algorithme pour la collecte des échantillons et les tests de laboratoire chez les sujets témoins Specimena Assay Sang aigue Pneumocoque PCR Test VIH Test CD Contrôle du VIH dans des sites sélectionnés Test d’hémoglobinopathie sites sélectionnés Tests d’antigène du paludisme ou microscopie sites sélectionnés Biomarqueurs Stockage pour tests sérologiques futurs Etudes génétiques hôtes NP écouvillon floqué PCR pour les pathogènes respiratoires NP Ecouvillon bactérien et sérotypage pour pneumocoque Ecouvillon pour la gorge Ecouvillon pour les pathogènes respiratoires Urine Stockage pour les futurs tests d’antigènes Specimena Assay Sang aigue Pneumocoque PCR Test de dépistage du VIH Contrôle du VIH dans les sites sélectionnés Test d’hémoglobinopathie sites sélectionnés Biomarqueurs Stockage pour les futurs tests sérologiques Études génétiques de l’hôte NP écouvillon floqué PCR pour les pathogènes respiratoires NP écouvillon de rayonne Culture bactérienne et sérotypage pour le pneumocoque Ecouvillon de gorge de gorge PCR f ou pathogènes respiratoires Stockage d’urine pour les futurs tests d’antigène Abréviations: VIH, virus de l’immunodéficience humaine; NP, nasopharyngée; PCR, amplification en chaîne par polymérase; PERCH, la recherche sur l’étiologie de la pneumonie chez l’enfant HealthaEach type d’échantillon sera recueilli de chaque sujet de contrôleView Large

Remarques

Groupe de travail sur les méthodes de pneumonie

Robert Black, Zulfiqar A Bhutta, Harry Campbell, Thomas Cherian, Derrick W Crook, Menno D de Jong, Scott F Dowell, Stephen M Graham, Keith P Klugman, Claudio F Lanata, Shabir A Madhi, Paul Martin, James P Nataro, Franco M Piazza, Shamim Qazi, Heather J Zar

Aide financière

Ce travail a été soutenu par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au Centre international d’accès aux vaccins, Département de la santé internationale, École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg

Supplément de parrainage

Cet article a été publié dans le cadre d’un supplément intitulé «Pneumonia Etiology Research for Child Health», parrainé par une subvention de The Bill & amp; Fondation Melinda Gates au projet PERCH de l’école de santé publique Johns Hopkins Bloomberg, Baltimore, Maryland

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués